网站的目录是指建立网站时创建的目录。例如：在用FrontPage 98建立：网站时都默认建立了根目录和images子目录。目录的结构是一个容易忽略的问题，大多数站长都是未经规划就随意创建子目录。目录结构的好坏，对浏览者来说并没有什么太大的感觉，但是对于站点本身的上传维护、内容的扩充和移植有着重要的影响。下面是建立目录结构的一些建议：
(1)不要将所有文件都存放在根目录下：有读者为了方便，将所有文件都放在根目录下，这样就会造成：
①文件管理混乱。常常分不清哪些文件需要编辑和更新，哪些文件可以删除，哪些是相关联的文件，以至影响工作效率。
②上传速度慢。服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当将所有文件都放在根目录下时，那么即使只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索一遍，建立新的索引文件。很明显，文件量越大，等待的时间也将越长，所以应尽可能减少根目录的文件存放数。
(2)按栏目内容建立子目录。子目录的建立，首先按主菜单栏目建立。例如网页教程类站点可以根据技术类别分别建立相应的目录，像Flash、Dhtml、Javascript等；企业站点可以按公司简介、产品介绍、价格、在线定单、反馈联系等建立相应目录。
其他的次要栏目，友情链接内容较多，需要经常更新的可以建文独立的子目录。而一些相关性强、不需要经常更新的栏目，如关于本站、关于站长、站点经历等，可以合并放在一个统一目录下。
所有程序一般都存放在特定目录下。如CGI程序放在cgi—bin目录下，以便于维护管理。所有需要下载的内容也最好放在一个目录下。
(3)在每个主目录下部建立独有的images目录。一个站点根目录下部有一个images目录，但用户为每个主栏目建立一个独立的images目录是最方便管理的，因为根目录下的images目录只是用来放首页和一些次要栏目的图片。
(4)目录的层次不要太深。目录的层次不要超过3层，以便于维护管理。
其他需要注意的还有：
(1)不要使用中文目录。网络无国界，使用中文目录可能对网址的正确显示造成困难。
(2)不要使用过长的目录。尽管服务器支持长文件名，但是太长的目录名不便于记忆。
(3)尽量使用意义明确的目录。上面的例子中，可以用Flash、Dhtml、Javascript来建立目录，也可以用1、2、3建立目录，但前者更便于记忆和管理。
随着网页技术的不断发展，利用数据库或者其他后台程序自动生成网页越来越普遍，网站的目录结构也必将飞跃到一个新的结构层次。
