马云对阿里巴巴来说，全盘收购雅虎不算是最佳选择，却可能是在情况危急下不得不做的事。在过去4年里，对马云等高管来说，阿里巴巴的控制权几次陷于险境。爱爆粗口、被称为铁娘子的卡罗尔·巴茨担任雅虎CEO后，曾当面指责马云雅虎中国的糟糕业绩，她表示，雅虎无意出售阿里巴巴股权，并称可能会加入阿里巴巴董事会—按照2005年雅虎的协议，雅虎将在2010年底获得阿里巴巴董事会的第二个席位，席位数与马云等高管持平。
在2011年9月，雅虎的董事们开掉巴茨后，阿里巴巴回购股票一事有了转机。雅虎失去锐气和成长性已经多年，其股东要再找新CEO重振旗鼓实在太难。微软、银湖、贝恩资本、新闻集团都开始竞购雅虎。阿里巴巴也首次登记游说美国政府，登记从12月1日起生效。按照美国法律，游说公司需要在接触公职人员等特定事件的45天内公开披露，这意味着游说工作可能10月就已开始。
不过，马云曾在斯坦福大学等数个场合公开表示，“非常有兴趣”收购“雅虎全部股权”，“已经准备好了资金”。这之后，美国就开始有国会议员质疑这个交易，一来担心雅虎这家美国第一大门户网站的内容会受中国审查影响，二来雅虎运营着庞大的邮箱和即时聊天业务，会涉及用户隐私。此外，美国对此类交易还要做国家安全审查，这个以财政部牵头的跨部门委员会的运作过程难以说清，华为2008年试图收购3com失败，以及去年收购濒临破产的云计算小公司Three Leave 后，又被美国政府强制卖出，都是因为国家安全审查的原因，赵曰耀说，美国政府“基本上能以任何理由让交易停止”。
按照马云在2005年与雅虎达成的协议，他拥有回购股份的优先权，按理说不用做如此凶险的全盘收购。之所以做这手准备，是因为对阿里巴巴来说，这实在是涉及公司安全的问题。雅虎中国前总经理谢文说，“如果雅虎被一家不友好的公司拿下，而这不友好的公司持有阿里巴巴39%的股份，这会让马云更加难受。”据报道，阿里巴巴提出的收购要约为每股20美元以上，即对雅虎估值至少250亿美元。
阿里巴巴与雅虎的恩怨纠葛
2009年8月 雅虎部分抛售了持有阿里巴巴的股份。
2010年9月 雅虎宣布进军中国内地市场，吸引内地中小企业客户投放广告，直接与阿里巴巴竞争。
2010年9月 阿里巴巴欲回购雅虎所持股份，雅虎紧握不放手。
2010年10月 雅虎在阿里巴巴董事会席位增加到两个，投票权增至39%，马云及管理层降至31.7%。“马云不被辞退”条款亦到期。
2011年5月 马云将支付宝转移到自己名下，引起纠纷，最终签署协议承诺支付宝上市以现金回报集团公司。
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